污垢达人正计划将整个地球变成一个大温泉，政府的秘密组织温泉g组为了阻止他们的野心，到处寻找黄金之魂温泉，希望借温泉的神力打倒坏蛋。没想到黄金之魂温泉居然就在小新家的地底下，就这样他们一家人卷入了守护温泉的正邪之战.....

某天，小新闲逛的时候捡到一个动感超人的面具，戴上面具后，小新发现自己竟然能和动感超人通话。他被任命为代表正义的动感间谍，专门与邪恶势力作战，并且见到了他的搭档——7岁女孩苏诺萌·柠檬（爱河里花子 配音）。在柠檬的带领下，小新开始作为动感间谍的艰苦训练。在这一过程中，面向凶恶的怪大叔不断偷袭小新，而在这一系列事件背后，似乎又隐藏着两个神秘的国家——无声屁共和国与不放屁王国。看似善良的柠檬也变得正邪难辨。不久，小新更和柠檬闯入了困难重重的不放屁王国……

秘密的为了维护世界和平，阻止邪恶的黑道组织-猪蹄组征服世界的诡计，派特工美色(魅力）潜入邪恶组织，偷取执行计划的核心元件。在逃亡过程中，美色（魅力）无意间上了小新一行人搭乘的游船，使得小新也被卷入正邪的对抗战中，还被带往邪恶组织。原来邪恶组织要进行的计划是，让大袋博士开发出来的新型电子生命体肥嘟嘟左卫门入侵全世界的电脑，进而征服世界。没想到这个新型的电子生命体的原创者居然是小新......

当小新一群人在玩抓鬼游戏时，无意中闯入一家已经废弃的电影院里。这个空无一人的电影院竟然播放著电影，春日部防卫队的成员们于是留下来，看起免费的电影，但是就在小新中途上厕所回来后，风间他们居然都不见了。小新很气他们不等自己，只是一回去就得知他们都没还回家的事。野原一家因为担心，决定到电影院去查看看，结果全家人都被“电影”给吸进去了，来到了一个像是西部拓荒时代的城镇。野原一家最初与风间相遇，而风间却记忆全失，还好得到住在城镇的少女椿的帮助，野原一家才安定下来。广志则去做木工，美伢去酒馆里卖唱，小新在住的同时重新见到正男、妮妮、阿呆，但正男和妮妮已成夫妇，而他们不想回到春日部，小新和阿呆每天则想着回去的办法和回忆过去的事情....

小新跟妈妈还有风间，妮妮，正男，阿呆一起报名动感超人周年纪念南海之旅，就在动感超人电影的船上首映会上，突然出现了一群粗暴的猴子将大人们都掳走了。春日部防卫队为了救出大人们而出动，大家乘坐上水上摩托车，来到了森林里，他们能成功吗？

双叶幼稚园的园游会快到了，往年都会在园游会里跳春日部舞，但这一年松坂梅却突然提议要跳森巴，不过马上受到吉永绿和上尾真澄的大力反对，最终也只好不了了之。奇怪的是，第二天在幼稚园里，吉永却不同前一晚的态度，大力向园长建议园游会上应该跳热情的森巴。另一方面，阿呆告诉大家有个传言，春日部里出现了”克隆人”。而小新妈妈也听到了这个传言，但是大家也认为这只是谣传而已，结果没想到野原一家竟然在新开幕的超市里，遇到了妈妈美冴的克隆人，而后，广志和小新的克隆人也纷纷现身了。究竟这背后有什么阴谋？又是谁为了什么在制造克隆人……？

某日，小新未来的新娘多美子从20XX年的未来都市“Neo Tokio”来到小新的面前。多美子告诉小新，未来的他被“Neo Tokio”的支配者也就是多美子的父亲金有增藏给绑架了，需要只有5岁的小新帮忙解救。于是小新决定和多美子乘坐时光机去未来都市。　　到达未来的他们立刻开始寻找已经成年的小新，可是却遭到了金有增藏派出的刺客袭击。小新能否成功救出未来的自己呢？他能顺利和多美子喜结良缘吗？“Neo Tokio”能重夺光明美好未来吗？小新的自我拯救行动就要开始了！

小新住的城市春日部，正进行着提倡善待地球的环保活动，小新也和大家一起开展捡垃圾活动。期间，小新偶然捡到了一瓶看似好味的饮料，于是他拿回家放在冰箱里。可是，他刚想喝的时候却发现爸爸和妈妈早把饮料喝完。然后，喝完饮料的爸爸和妈妈竟然都变成了动物！爸爸是鸡，妈妈是豹。小新的父母变成动物后就慢慢地不认识小新和小葵了。小新的朋友们以及春日部里好多人也因意外而变成了动物。在意识到必须采取行动后，小新与朋友们一起踏上了寻找并解救被抓走的父母及其他人的冒险之旅。在到达目的地后他们遇上了不少困难，小新与妈妈的母子亲情受到严峻考验！小新到底会怎么做......

小新和妈妈一起逛百货公司，他缠着妈妈买了假面英雄最新出品的玩具宝剑。回家之后，发生了怪事，宝剑竟然变成了普通的竹棒。从幼儿园回家的路上，小新遇到了一只和小白长得一模一样的狗狗，唯一的不同在于它是黑色的。小新给它取名为小黑，把它带回了家，并成功地说服了爸爸妈妈，让小黑留在了家里。正当野原一家过着平静的日子的时候，通向黑暗世界库莱顿的大门被打开了，阴谋统治地球的邪恶计划正在秘密推进。一天，一位自称名叫“普莉林”、身材劲爆的大姐来找小新，说他是被选中的勇者，必须对抗来自黑暗之门的邪恶力量。从那天开始，野原家倒霉连连，爸爸失去晋升机会，妈妈在大减价争斗中落败。黑暗的力量在不知不觉中侵袭了进来。一天夜里，小新爬起来上厕所，少年【马塔塔米其实是女的，但是小新一开始把她当作了哥哥】马塔塔米突然出现在他面前。马塔塔米是被派来保护勇者小新的。在她的帮助下尚未觉醒的小新打败了一个又一个敌人。然而更强大的敌人出现了，小新能拯救世界么？！

蜡笔小新剧场版大合集。